Он побывал почти во всех европейских странах и даже в Северной Африке, Палестине и других странах. Вернувшись в 1527 году в Швейцарию, он становится врачом в Базеле. Здесь он, нарушая заведенный порядок, начинает преподавать медицину не на латыни, а на немецком языке. Оставив преподавание - начинает заниматься исследованиями, ставит алхимические опыты. Его достижениями считаются объяснение причины силикоза, изобретение прототипа вакцины от чумы. Вследствие резко усилившейся миграций людей, способствующих распространению инфекционных заболеваний (что усугублялось царящей в средневековой Европе тотальной антисанитарией), борьба с эпидемиями приобрела во времена Парацельса чрезвычайное значение. 

Парацельс стоял у истоков фармакологии, разработал принцип подобия, на котором основана современная гомеопатия. Новаторство Парацельса проявилось в создании химической теории функций организма. Все болезни, считал он, происходят от расстройства химических процессов, поэтому наибольшую пользу при лечении могут оказать только те лекарства, которые изготовлены химическим путем. При этом, он изучал лечебное действие различных химических элементов и соединений. Сблизив химию с медициной, Парацельс явился одним из основателей фармакологии. Он выделял лекарства из растений и применял их в виде экстрактов и эликсиров; развил новое для того времени представление о дозировке лекарств. В лекарствоведении Парацельс развил новое для своего времени представление о дозировке лекарств: «Все есть яд и ничто не лишает ядовитости. Одна только доза делает яд незаметным». Также ученый использовал минеральные источники для лечебных целей.

Свои медицинские взгляды он описал в трактатах, в числе которых и философские работы.